Mnogobrojni bolesnici i liječnici biljne pripravke smatraju »blagim lijekovima« koji imaju manju učinkovitost, pa tako i manja neželjena djelovanja.
Znanstvene tvrdnje na tom području rijetko su precizne i posve pouzdane, jer aktivne tvari kao i način djelovanja nisu u cijelosti razjašnjeni. Tako često tek djelomično poznajemo način prihvaćanja, širenja po tijelu, razlaganja i izlučivanja biljnih sastojaka.
Do neželjena djelovanja dolazi zbog zamjene biljaka, različitih kemijskih svojstava, zbog zadržavanja herbicida, pesticida, insekticida, gnojiva i teških metala u drogi te zbog neispravne primjene. Jednako tako do neželjena međusobnog utjecaja može doći i zbog istodobne uporabe više biljnih pripravaka i lijekova.
Da bi liječenje bilo uspješno, bolesnik mora uvijek obavijestiti liječnika o eventualnoj uporabi biljnih pripravaka. Liječnik, pak, mora poštivati želju bolesnika za primjenom biljnih pripravaka i zajedno s njim odlučiti koji je način liječenja u određenom slučaju najprimjereniji.
Povećavanjem doze, produljenjem uporabe i dodatnim uzimanjem propisanog lijeka tek u rijetkim slučajevima postižemo veću učinkovitost ljekovitog bilja. Zbog nepredvidivih popratnih djelovanja uvijek ih koristimo isključivo u svrhu liječenja, po mogućnosti u dogovoru s liječnikom.